«Казалось, чтобы пробудить его,
Нет силы соразмерной, но пришла
Та, что коснулась родственной рукою
Его широких плеч, склоняясь пред ним
В почтительности, скорбной и глубокой...»
Джон Китс, Гиперион

2191 год.  Благодаря Джейн Шепард современная галактика избавилась от угрозы жнецов раз и навсегда. Пожертвовав своей жизнью (начало 2187 года), она объединила ДНК синтетиков и органиков, наконец разрешив преследовавшую каждую расу проблему «отцов и детей».  Галактика была готова вступить в  новую эпоху.
Ее команда распалась. Многие из тех, кому были причислены звания героев битвы за Землю, пропали без вести. Однако судьбы некоторых оказались в центре внимания.
Явик обосновался на родной планете ханаров – Кахье.  С помощью Миранды остатки сил Цербера были полностью разгромлены. Джон Шепард, младший брат спасительницы галактики, отказался от звания Спектра и по неведомым для многих причинам поместил себя в криогенный сон, в котором находится и по сей день.

«Мне снова снился Иден Прайм. Не то обуглившееся пепелище и выгоревшие ярусы  домов типичной для колонии постройки, которые оставил после себя Сарен. Мне снился Иден Прайм, настоящий и живой, практически не тронутый. Человечество еще не успело изуродовать зеленые полотна равнин и низины, сплошь заросшие высокой травой. Там, где начиналось небольшое болото, раскинувшееся в глубокой тени между древесными исполинами и холмами, слабо заигрывали с ветром растения, сильно напоминавшие мне камыш.
В какой-то миг, глядя как перекатывается волнами это травяное море, я представил себе Землю. Жаль, что там не осталось ничего, кроме подпирающих небо коммуникационных вышек и серого массива городских пристроек. Когда-то Земля тоже была такой. Такой…красивой, пожалуй.
Любой, услышавший мой молчаливый монолог, сказал бы, что я, должно быть, неисправимый романтик. Это не так. Просто я родился и вырос в колонии, и молодое дыхание зелени, гармония симбиоза построенных людьми коренастых, вкопавшихся в землю жилищ были мне знакомы. Природа Иден Прайма, все таки отличающаяся от той, которая была мне родственна, позволила мне хотя бы на несколько мгновений повернуть вспять время. Я оказался дома, впервые за целый десяток лет.
Наверное я мог бы вечно сидеть на вершине невысокого холма, переполняемый почти ребяческим восторгом.  Но реальность всегда неумолима и безжалостна. Вместе с сухим электронным писком аппаратуры, уставшей надрываться в полумраке комнаты, пропало и мое видение: исчезло бархатистое полотно простирающейся на востоке равнины; ласковый, но уже отдающий прохладой ветер и алое зарево почти закатившейся за горизонт жаркой звезды»
Джон Шепард, 2191

Однако Катализатор был не единственным искусственным интеллектом, способным навредить этому циклу или вовсе уничтожить его. Шепарда, задумавшего проспать не одно столетие, разбудил Эпилог. Некое сознание, превосходящее по своей мощности и возможностям даже Катализатора.  Примерно в это же время исчезают жнецы, которые помогали восстанавливать почти разрушенные цивилизации.
Несмотря на то,  что угроза извне была предотвращена, безо всяких, казалось бы, на то оснований внутри Совета Цитадели начали возникать конфликты. Малейшие трения в любой момент  могли вылиться в вооруженный конфликт. Некоторые ученые списали это на побочные эффекты синтеза, другие же были уверены, что в  обновленной галактике сферы влияния  должны  были распределиться заново. Удивительно то, что наибольшую агрессию в вопросах передела власти проявляли те, от кого это меньше всего ожидалось: азари, саларианцы. В течение первых двух лет после победы, каким-то чудом одержанной над Жнецами, многие расы закрыли свои посольства на Цитадели, вернувшей себе статус Межгалактической Столицы.

«Бесконечные потоки информации, заполняющие все пространство экстернета, не были его телом, но Эпилогу хватило бы и легкого, телепатического по человеческим меркам, прикосновения к этой информационной сети, чтобы ощутить, как далекие станции и планеты, подобно десяткам живых сердец, разгоняют по электродам сжатые паки электронных «лейкоцитов». И так же, как человек, сознающий свою ничтожность, впервые столкнувшись с бескрайними просторами открытого космоса, он сознавал свою ничтожность в сравнении с этим огромным живым организмом.
И все же, он был его частью. Когда организм умирал, следуя в могилу за угасающими цивилизациями, Эпилог чувствовал то, что любой органик назвал бы болью – дрейфующий от одного поколения к другому, Эпилог умирал вместе с ними, а спустя столетия возрождался снова, разбуженный размеренными  сигналами, поступающими в его сознание через хранителей.
С момента его последнего пробуждения мир ощутимо изменился, и это, пожалуй, было прекрасно - так много нового еще предстояло познать.
Ему не нужна была материальная оболочка, чтобы видеть, но  по старой привычке, отложившейся в недрах программы еще со времен первого цикла, Эпилог материализовался в просторном подземном помещении, рассеянно оглядывая сложные хитросплетения проводов, облепивших стазисную капсулу. Она прослужила своему «пассажиру» гораздо дольше запланированного срока.  Не теряя контроль над собственной неплотной голографической оболочкой, Эпилог «нырнул» в информационный узел механизма, поддерживающего капсулу в активном режиме.  Энергии в ней хватило бы еще не на один десяток стандартных лет, но после уничтожения Катализатора всякая необходимость в  продлении «холодного сна» пропала.
Полупрозрачные пальцы забегали по голо-панели. Конечно, эти манипуляции не были обязательны, но иллюзия наличия материального тела делала Эпилога почти живым в собственном восприятии.»
Эпилог, 2188

2188 год. Ханары неожиданно закрывают свое посольство на Цитадели, перекрывая все свои  каналы торговли. Мотивы этого поступка остаются без каких либо разъяснений. Вслед за ханарами, волусы значительно снижают поставки товаров на рынки не только Цитадели, но и в другие точки сбыта по всей галактике.
2189 год. В конечном итоге все упомянутые выше события способствуют практически полному обрушению экономики . Каждая раса сталкивается с проблемой внутреннего обеспечения.  К концу этого года происходит первое столкновение интересов между азари и турианцами на почве борьбы за ресурсы. Человечество пытается сохранить нейтралитет, саларианцы выступают на стороне азари. Кроганы окончательно обрывают все связи с Советом. Однако, в свете нарастающего напряжения между наиболее развитыми цивилизациями, данному факту практически не уделяют никакого внимания.
2190 год. Уровень преступности в галактике значительно растет. Мелкие группы наемников, до сего момента не представляющие серьезной угрозы, объединяются в несколько крупных организаций. Предводителем одной из них становится небезызвестная Ария Т`Лоак. Её основными конкурентами на черном рынке становятся «Мнемосина» и «Черные Медики».
2191 год. ИИ Эпилог способствует пробуждению Шепарда. По всей галактике вспыхивают вооруженные столкновения. Альянс азари и саларианцев трещит по швам, что дает турианцам право на краткую передышку. Как представителя человечества (все еще сохраняющего иллюзию нейтралитета) Шепарда призывают на Цитадель. Однако, консул азари, с которой у новоявленного С.П.Е.К.Т.Р.-а должна была состояться дипломатическая встреча, умирает у него на руках. Единственное, что спасает Джона Шепарда от трибунала – привилегированное положение и фамилия, все еще многое значащая для Совета и галактики в целом.
Но не только ему предстоит выяснить причины политической катастрофы, захлестнувшей обновленный мир. Те, кто еще не поддался паранойе и вирусу безумия, тоже ищут ответы.